「専利法実施細則（2023年改正）」（以下「実施細則」という）の関連規則として、「専利審査指南（2023）」（第78号局令、以下「旧指南」という）は、2024年1月20日に共に施行された。しかしながら、司法実務においては、旧指南の特定の条項の合法性が疑問視されるほか、行政効率を阻害する規定も存在する。上記の問題を解決し、専利出願の行政サービス体験をさらに最適化し、行政効率を高めるため、国家知識産権局は2025年11月13日に「専利審査指南（2025年改正）」（第84号局令、2026年1月1日より施行、以下「新指南」という）を公布した。主な改正点は以下の通りである。

一、分割出願時の優先権が必ずしも留保されないことの明確化

実施細則によれば、元の出願が優先権を有する場合、分割出願において優先権日を留保することができる（実施細則第49条第1項）。ただし、関連手続きを履行する必要がある（同条第2項）。これに基づき、新指南では、分割出願の元出願が優先権を主張していた場合でも、出願人が分割出願時に請求書で当該優先権の主張を明示しなかった場合、分割出願は優先権を主張していないものとみなされ、審査官は優先権未主張みなし通知書を発行すべきであると明確化されている（第1部分第1章第6.2.1.2条および第6.2.2.2条）。

二、同一発明について、同日に発明専利と実用新案専利を申請する場合（以下「同時出願」という）における出願人の説明義務の明確化

現行の専利出願実務において、早期の専利保護の獲得と発明専利取得の可能性を同時に確保するため、一部の企業は同時出願を選択している。旧指南によれば、同一案件で同時出願した場合、先に取得した実用新案専利権がまだ消滅しておらず、かつ出願時にそれぞれ説明を行った場合、発明専利出願の補正のほか、実用新案専利権を放棄することで重複授権を回避することができた。司法実務において、一部の出願は出願人が説明義務を履行しなかったため、国家知識産権局によって拒絶された。拒絶された出願人のうち、一部は裁判所に対し拒絶決定の取消訴訟を提起している。その根拠は、旧指南第6.2.2条が上位法（専利法第9条第1項）に違法に説明義務を追加した点にある（例：（2018）京73行初2796号行政判決）。新指南は、説明義務の不履行による法的結果を明確化した。すなわち、国家知識産権局は専利法第9条第1項の規定に基づき、同一の発明に対して専利権を1件のみ付与できる旨の規定に従って処理する（第2部分第3章第6.2.2条）。つまり、国家知識産権局は発明専利出願を拒絶する。

三、同時出願時の出願人の修正権の削除

前述のように、旧指南の下では、同一案件で同時出願を行った出願人は、発明専利出願を補正することで発明専利を取得できる。同時に、既に取得した実用新案専利は維持される。しかし、先に取得した実用新案専利権は実体審査を受けていないため、安定性が低い。発明専利出願を補正して発明専利権を取得すると同時に実用新案専利権を維持することには利益がない。国家知識産権局の行政コストも相応に増加した。行政効率向上のため、新指南では修正権に関する規定を削除し、出願人が実用新案専利を放棄する方法でのみ発明専利の取得を認めることとした（第2部第3章第6.2.2条）。

四、アルゴリズム等の発明専利出願が公序良俗に反する等における構成要件の明確化

専利法は、法律・社会公徳に違反し、または社会公共利益を妨害する発明については専利権を付与しないと規定している（専利法第5条第1項）。新指南では、これに基づき、アルゴリズムの特徴またはビジネスルール・方法の特徴を含む発明専利出願について、データ収集、ラベル管理、ルール設定、推薦決定などの行為が法律、社会公徳に違反したり、社会公共の利益を妨害したりする場合、専利権を付与できないことをさらに明確化した（第2部第9章第6.1.1条）。